โรงเรียนวัดธัญญะผล ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๗  โดยมีนายอำเภอเป็นผู้จัดตั้ง
เดิมอาศัยศาลาการเปรียญของวัดธัญญะผลเป็นสถานที่เรียน
มีเจ้าอาวาสเป็นผู้อุปการะ สอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ
   ปี พ.ศ.๒๔๗๗  นายพูน   ผลสุวรรณ์ ได้รวบรวมเงินบริจาคจากพ่อค้าประชาชนได้จำนวน ๒๒,๔๔๐  บาท 
สมทบกับเงินงบประมาณของทางราชการ
จำนวน ๑๐๐,๐๐๐  บาท สร้างอาคารเรียนแบบ ป๑ซ 
จำนวน  ๓  ห้องเรียน  ๑  หลัง    (รื้อถอนแล้ว เมื่อปี พ.ศ.๒๕๕๙)  
   ปี พ.ศ.๒๕๒๐  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน หลังที่ ๒ แบบ ๐๑๗ ขนาด ๘ ห้องเรียน จำนวน ๑ หลัง
เป็นเงิน ๔๔๐,๐๐๐  บาท
  ปี พ.ศ.๒๕๒๙  นางวงษ์  รักษาธรรม  มอบที่ดินจำนวน ๒ ไร่ ๓ งาน ๓ ตารางวา
ให้โรงเรียนซึ่งเป็นที่ก่อสร้างอาคารเรียนจนถึงปัจจุบัน
ปี พ.ศ.๒๕๕๐  ได้รับการประเมินภายนอก(รอบที่  ๒) 
โดยสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) 
เมื่อวันที่  ๑–๒  และ ๕  เดือนกุมภาพันธ์  พ.ศ.๒๕๕๐
    ปี พ.ศ.๒๕๕๐  ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน หลังที่ ๓
แบบสปช.๑๐๕/๒๙๒ ชั้น ขนาด  ๔ ห้องเรียน ใต้ถุนโล่ง  จำนวน  ๑  หลัง  เป็นเงิน ๒,๑๘๘,๐๐๐  บาท
   ปี พ.ศ.๒๕๕๒  ได้รับงบประมาณปรับปรุง ซ่อมแซมและต่อเติมห้องเรียนชั้นล่าง(อาคารเรียนแบบ สปช.๑๐๕/๒๙) 
เป็นจำนวนเงิน  ๕๖๗,๐๐๐  บาท
ปี พ.ศ.๒๕๕๓   ได้รับงบประมาณ

o    ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ๑๐๔/๒๖ แบบมาตรฐาน ๓ ห้องเรียน จำนวน  ๑,๗๓๐,๐๐๐ บาท
o    ก่อสร้างส้วมนักเรียนชาย  ๔  ที่ / ๔๙  จำนวนเงิน  ๔๔๒,๐๐๐  บาท
o    ปรับปรุงห้องเรียน แบบ ๑๐๔/๒๖  จำนวนเงิน  ๒๗๐,๐๐๐  บาท
o    ซ่อมแซมอาคารเรียนประกอบ แบบ สปช.๐๑๗  จำนวนเงิน  ๒๒๔,๐๐๐  บาท
ปี พ.ศ.๒๕๖๑  ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ๑๐๕/๒๙ ปรับปรุง ๔ ห้องเรียน บันได ๒ ข้าง
เป็นจำนวนเงิน ๓,๔๖๗,๕๐๐ บาท

ปัจจุบัน โรงเรียนวัดธัญญะผล สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานี  เขต ๒
สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ มีข้าราชการครูและผู้อำนวยการ 
จำนวน ๑๗ คน  ครูอัตราจ้างชั่วคราว  จำนวน  ๑  คน  เจ้าหน้าที่ธุรการ  ๑  คน  พี่เลี้ยง  ๒  คน 
ภารโรงจำนวน  ๑  คน  เป็นชาย ๐ คน  เป็นหญิง  ๑๗  คน  รวม  ๑  คน  มีนักเรียน  ๒๑๕ คน
เปิดทำการสอน  ตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ ๑ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖  และเปิดห้องเรียนคู่ขนาน (เด็กพิการ)
มีครู จำนวน ๑ คน  จากศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดปทุมธานี
โดยมี นางสาวสิรินทรา  สรรเสริญ  เป็นผู้บริหาร
ซึ่งมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดธัญญะผล  เมื่อ พ.ศ.  ๒๕๖๕ จนถึงปัจจุบัน